O nível de proteção em vigor nas instalações portuárias do porto de Setúbal é o NÍVEL 1.

Foi aprovada pela ACPTMP a Avaliação de Proteção do Porto de Setúbal, tendo-se iniciado a elaboração do Plano de Proteção do Porto.

Dando seguimento ao Código ISPS (International Ship and Port Facility Security Code) e restante legislação em vigor, o Porto de Setúbal tem 11 instalações certificadas pela Autoridade Competente para a Proteção do Transporte Marítimo e Portos (ACPTMP) que são as seguintes: