El puerto de Setúbal es constituido por diversas terminales especializadas, que prestan un servicio público en los diferentes tipos de carga .

Terminal Multiusos Zona 1 – TERSADO

Esta terminal es gestionado por TERSADO y se destina al movimiento de carga general fraccionada, ro-ro, gráneles sólidos y contenedores. Dispone de

• Un frente de muelle de 864 metros de largo y una rampa Ro/Ro de 30m de ancho (5 puestos de acostaje de barcos);
• Profundidades de -9,5 m (ZH) una extensión de 170m y fondos de -10,5 m (ZH) en una extensión de 694m;
• Áreas de almacenamiento de de 2.116 m2 a cubierto y 102.000 m2 a descubierto.

Terminal Multiusos Zona 2 – SADOPORT

Este Terminal está gestionada por SADOPORT e y se destina al movimiento de carga general fraccionada ro-ro (pesados) y contenedores.
Dispone de:

• Un frente de muelles de 725 metros de largo, profundidad -15m (ZH) (4 puntos de atraque);
• Fondos de -12m (ZH);
• Áreas de almacenamiento de 1.619 m2 a cubierto y de 200.778 m2 a descubierto;
• Una grúa portico de 45 toneladas;
• Una grúa portico de 40 toneladas (pós–panamax).

Terminal Roll-On Roll-Off/Terminal AutoEuropa

Destinada al movimiento de carga roll-on/roll-off.
Dispone de:

• Un fuerte de muelles de 365 metros de largo (2 puntos de acostaje) y una rampa ro-ro, apoyada en duques de Alba (1 punto de acostaje);
• Fondos de –12m (ZH);
• Terraplén para almacenamiento al descubierto con un área total de 150.000 m2, de los cuales 60.000 m2 están concedidos a AutoEuropa en régimen de uso exclusivo.

Terminal Portuario SAPEC

Está gestionado por SAPEC - Terminais Portuários, SA, se destina al movimiento de gráneles sólidos y líquidos.
Dispone de:

• Un frente de muelle de 112 metros de largo (1 puesto de atraque que permite el atraque de navíos de hasta 200 metros de lago y de 10,5 de calado.
• Un terraplén para el almacenamiento al descubierto con aproximadamente 25. 000 m2.

Terminal de Granéis Líquidos

Está concesionado por SAPEC - Terminais Portuários, SA y se destina al movimiento de granéis líquidos. Dispone de:

• Un puesto de atraque formado por tres duques de alba (2 de acostaje y 1 de amarre) que permite el atraque de navíos con una largura de hasta 190 me y un calado de até -9,5 metros.

Además de estos terminales, existen otros para uso exclusivo de las industrias que están instaladas junto al puerto, a lo largo de unos 11 km en la margen derecha del rio Sado.