La importancia del puerto Setúbal remonta a la Antigüedad pre-clásica. Conocido por los primero navegantes fenicios que frecuentaron nuestras costas y que establecieron factorías comerciales, como muestran los restos arqueológicos hallados. En el lugar de Abul, en la margen derecha del rio Sado, habrán construido la infraestructura portuaria. Se trata, finalmente, del primer puerto de Setúbal.

De la época romana son sobradamente conocidas las líneas existentes en las dos márgenes del rio Sado. El lugar se encuentra en la ciudad de Setúbal (margen derecha del Sado), y fue una importante población romana (Caetobrix o Cétobriga)

Las ciudades de Cetóbriga y Tróia, junto a la desembocadura del Sado, así como en la costa de la Arrábida fueron instaladas unidades fabriles de salazón de pescado y de garum, salsa hecha a base de pescado y hierbas aromáticas.

El transporte fluvial de mercancías dio origen a la construcción/adaptación de embarcaciones típicas del Sado. Las primeras de ellas de carga, resultaron de la conversión de los pequeños barcos de pesca en galeones para el transporte de sal. El galeón era una embarcación de madera, que en el Sado, con una necesaria adaptación, tuvo dos utilidades principales: pesca y transporte de mercancía (galeón de carga)

Por iniciativa de la APSS fue recuperada la memoria de uno de los últimos galeones del Sado, el “Fundação de Portugal”.

El puerto de Setúbal fue considerado como el puerto de pesca más importante de Portugal y, consecuentemente, el más importante centro de conservas de pez. En 1916 había, sólo en Setúbal, 791 embarcaciones de pesca.

En cuanto al planteamiento de las infraestructuras portuarias, el primer proyecto de obras del puerto de Setúbal, data de 1793. Se trataba de una doca o Caldera, proyectada por el coronel Chermont. Se destina a dar abrigo a las pequeñas embarcaciones, localizada entre los baluartes del Livramento y de la Concepción.

Solamente en 1836, la Cámara Municipal de Setúbal atribuyó a un particular la concesión de la construcción de la primera doca, localizada junto a la desembocadura de la Ribeira del Livramento, la denominada, Doca Delpeut. Esta doca constituyó, durante un siglo, el único abrigo del que disponía el puerto para las pequeñas embarcaciones.

La necesidad de creación de un organismo propio para la ejecución de las obras del puerto es reconocida el 18 de diciembre de 1923 con la aprobación de la ley nº 15/7, por la que se creó la Junta Autónoma das Obras do Porto e Barra de Setúbal e do Rio Sado. Las primeras grandes obras del puerto fueron adjudicadas el 27 de Juno de 1930 a la Hojgaard & Schultz de Copenhague, con la colaboración en los trabajos de dragado de Van den Bosch & De Vries de Utrecht.

Estas obras contemplaron:

• La regularización de la margen derecha del rio (4km) entre Vila Maria y Albarquel;
• La construcción de 2.170 metros de taludes empedrados destinados a pequeñas embarcaciones;
• El entierro de la antigua Doca Delpeut y el prolongamiento de la cobertura de la Ribeira do Livramento;
• Los terraplenes en un área total de 600.000 m 2;
• La construcción de tres docas destinadas respectivamente al apoyo a la pesca, el recreo y el comercio.
• La Construcción de seis estacadas encostadas.

En las décadas de los 60 y 70 se asiste a la construcción de diferentes muelles particulares y a la instalación de grandes industrias en Setúbal, permitiendo colocar el puerto de Setúbal, como un puerto industrial.

Con la construcción de la 1ª fase del terminal Roll-On/Roll-Off en 1985, que actualmente está incluido en la Terminal Multiusos Zona 1, se concreta en la primera inversión en infraestructuras portuarias dedicadas a este segmento del tráfico. La obra consistió en la construcción de 220 metros de muelles acostables y rampa con fondos de –10,5m (ZH).

En 1992 a APSS finalizó un nuevo investimento decisivo para el desarrollo del puerto de Setúbal mediante la conclusión de la Terminal Roll-On/Roll-Off y la construcción de la Terminal de contenedores que supuso 320 metros más de muelles acostables.

Con la instalación de la fábrica Auto Europa en Palmela, el puerto es llamado, nuevamente, a desempeñar un papel fundamental en el desarrollo de la región. En 1994 fueron concluidas las obras de construcción de la Terminal Roll-On/Roll-Off de AutoEuropa, con 370 metros de frente de muelle, una rampa y una profundidad de –12m (ZH), por donde es exportada gran parte de la producción de la fábrica.

La construcción de la Terminal Multiusos (ampliación de la Terminal de contenedores) en 2002, significó una inversión de 29 millones de euros. Representó una apuesta estratégica de la APSS para el futuro en el mercado de los contenedores, permitiendo hoy, situar al puerto de Setúbal, como un puerto importante en el conjunto de los puertos ibéricos.